Objective: To investigate the diagnostic yield of clinical whole-genome sequencing (WGS) in prenatally diagnosed non-immune hydrops fetalis (NIHF).
Methods: This was a retrospective study of 23 fetuses with prenatally diagnosed NIHF, negative for trisomies and copy-number variants, referred for analysis by WGS with an in-silico panel of 281 genes associated with hydrops fetalis. Due to identification of a high proportion of causative variants in the HRAS gene in the main cohort, Sanger sequencing of HRAS was performed in a replication cohort, consisting of 24 additional fetuses with NIHF that were negative for trisomies and copy-number variants and had not undergone WGS.
Results: Of the 23 fetuses in the main cohort, a molecular diagnosis was achieved in 12 (52.2%). Pathogenic or likely pathogenic variants were identified in seven genes: HRAS (n = 5), RIT1 (n = 2), FOXP3 (n = 1), GLB1 (n = 1), MAP2K1 (n = 1), PTPN11 (n = 1) and RASA1 (n = 1). The inheritance pattern of the 12 causative variants was autosomal dominant in 10 cases (HRAS, MAP2K1, PTPN11, RASA1, RIT1), autosomal recessive in one (GLB1) and X-linked recessive in one (FOXP3). Of the 24 fetuses in the replication cohort, a pathogenic variant in HRAS was identified in one, resulting in an overall frequency of causative HRAS variants of 12.8% (6/47) in our two cohorts.
Conclusions: We demonstrate a diagnostic yield of 52% with clinical WGS in NIHF using an in-silico panel of 281 genes. However, the high diagnostic yield may be attributed to the small sample size and possible over-representation of severe phenotypes in the included fetuses. Bearing in mind that chromosomal abnormalities were excluded in our cohorts, a detection rate of up to 75% is possible in prenatally diagnosed NIHF when WGS analysis includes calling of chromosomal aberrations. © 2022 The Authors. Ultrasound in Obstetrics & Gynecology published by John Wiley & Sons Ltd on behalf of International Society of Ultrasound in Obstetrics and Gynecology.
Rendimiento diagnóstico mediante la secuenciación del genoma completo y panel informático de 281 genes asociados a la hidropesía fetal no inmune en el ámbito clínico
Objetivo: Investigar el rendimiento diagnóstico de la secuenciación clínica del genoma completo (SGC) en la hidropesía fetal no inmune (HFNI) diagnosticada prenatalmente.
Métodos: Esta investigación fue un estudio retrospectivo de 23 fetos con diagnóstico prenatal de HFNI, negativos para trisomías y variantes del número de copias, remitidos para su análisis mediante SGC con un panel informático de 281 genes asociados a la hidropesía fetal. Debido a la identificación de una alta proporción de variantes causales en el gen HRAS en la cohorte principal, la secuenciación Sanger de HRAS se realizó en una cohorte de replicación, que consistía en 24 fetos adicionales con HFNI que eran negativos para trisomías y variantes del número de copias y que no habían sido sometidos a SGC.
Resultados: De los 23 fetos de la cohorte principal, se logró un diagnóstico molecular en 12 (52,2%). Se identificaron variantes patógenas o probablemente patógenas en siete genes: HRAS (n=5), RIT1 (n=2), FOXP3 (n=1), GLB1 (n=1), MAP2K1 (n=1), PTPN11 (n=1) y RASA1 (n=1). El patrón de herencia de las 12 variantes causales fue autosómico dominante en 10 casos (HRAS, MAP2K1, PTPN11, RASA1, RIT1), autosómico recesivo en uno (GLB1) y recesivo ligado al X en uno (FOXP3). De los 24 fetos de la cohorte de replicación, se identificó una variante patógena en HRAS en uno, lo que resultó en una frecuencia global de HRAS del 12,8% (6/47) en las dos cohortes.
Conclusiones: Se demuestra un rendimiento diagnóstico del 52% con SGC clínico en HFNI utilizando un panel informático de 281 genes. Sin embargo, el elevado rendimiento diagnóstico puede atribuirse al pequeño tamaño de la muestra y a la posible abundancia de fenotipos graves en los fetos incluidos. Teniendo en cuenta que en las cohortes se excluyeron las anomalías cromosómicas, es posible obtener una tasa de detección de hasta el 75% en la HFNI diagnosticada prenatalmente cuando el análisis de SGC incluye la identificación de aberraciones cromosómicas.
在临床中使用全基因组测序和 用计算机面板对与非免疫性胎儿水肿相关的281种基因诊断阳性率
目的: 探讨临床全基因组测序(WGS)对产前诊断非免疫性胎儿水肿(NIHF)的诊断阳性率。
方法: 这是一项回顾性研究，对 23 个 三体正常和基因组拷贝数变异的被诊断为 非免疫性水肿(NIHF)的胎儿 进行了回顾性研究，病例通过转诊对与胎儿水肿相关的 281 个基因组进行了全基因组测序(WGS)计算机面板分析 。由于在主要队列中发现了高比例的HRAS 基因的致病变异，因此在复制队列中对HRAS 进行 Sanger 测序，该队列由另外 24 个患有肺免疫性水肿(NIHF)的胎儿组成，这些胎儿的三体正常但基因组拷贝数变异且未进行 全基因组测序(WGS)。
结果: 在 23个主队列的胎儿中，有12例实现了分子诊断(52.2%)。在七组基因中鉴定出致病性或可能的致病性变异:HRAS (n=5), RIT1 (n=2), FOXP3 (n=1), GLB1 (n=1), MAP2K1 (n=1), PTPN11 (n=1) and RASA1 (n=1). 12个致病变异的遗传模式为:常染色体显性10例，(HRAS, MAP2K1, PTPN11, RASA1, RIT1),常染色体隐性1例，(GLB1) X连锁隐性1例(FOXP3).在复制队列的24个胎儿中， 其中一个胎儿发现一种 HRAS基因的 致病性变异, 导致我们的两个队列中HRAS基因致病变异的总体频率为 12.8% (6/47)。
结论: 使用一种可检测281组基因的计算机面板我们临床上用全基因组测序(WGS)检测非免疫性水肿(NIHF)的阳性检测率为52%。然而，高诊断率可能归结于样本量小以及所包含胎儿中严重表型可能的过度表现。考虑到我们的队列中排除了染色体异常，因此如果 全基因组测序(WGS) 分析包括染色体畸变时，产前诊断的非免疫性水肿( NIHF) 的检出率可能高达 75%。
Keywords: Costello syndrome; HRAS; fetus; hydrops fetalis; prenatal diagnosis; whole-genome sequencing.
© 2022 The Authors. Ultrasound in Obstetrics & Gynecology published by John Wiley & Sons Ltd on behalf of International Society of Ultrasound in Obstetrics and Gynecology.