Background: The pathogenesis of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is a complex and multistage process which results from the interaction of exogenous and endogenous cellular processes. Each of these processes leaves a characteristic pattern of mutations on the tumor genome, a so-called mutational signature.
State of the art: The subject of current studies is to decipher specific signatures of mutational processes operating during HNSCC pathogenesis and to address their prognostic value. Computational analysis of genomic sequencing data by The Cancer Genome Atlas (TCGA) revealed mutational signatures 1, 2, 4, 5, 7, and 13 as the main players in HNSCC pathogenesis. Signature 16 was first discovered in human papillomavirus (HPV)-negative oral and oropharyngeal tumors. In many studies, an association of signature 16 with alcohol and tobacco consumption as well as with an unfavorable prognosis was described.
Zusammenfassung: HINTERGRUND: Die Pathogenese beim Plattenepithelkarzinom der Kopf- und Halsregion (HNSCC, „head and neck squamous cell carcinoma“) ist ein komplexer Mehrstufenprozess und resultiert aus der Interaktion von exogenen und endogenen zellulären Prozessen. Jeder Prozess hinterlässt ein charakteristisches Muster an Mutationen auf dem Tumorgenom, eine sog. Tumorsignatur.
Studienlage: Gegenstand aktueller Studien ist es, spezifische Tumorsignaturen, die während der HNSCC-Pathogenese wirksam sind, zu finden und die prognostische Relevanz zu evaluieren. Mit Analysen von genomischen Sequenzierungsdaten durch The Cancer Genome Atlas (TCGA) wurden die häufigsten Mutationssignaturen beim HNSCC entschlüsselt, wobei die Signaturen 1, 2, 4, 5, 7 und 13 als hauptsächliche Akteure identifiziert werden konnten. Die Signatur 16 wurde erstmalig bei humane Papillomaviren (HPV-)negativen oralen und oropharyngealen Plattenepithelkarzinomen entdeckt. In vielen Studien wurde eine Assoziation der Signatur 16 mit dem Alkohol- und Tabakkonsum gezeigt sowie ein negativer Einfluss auf die Prognose der Patienten festgestellt.
Keywords: Gene expression signatures; Genetic variation; Mutation; Sequence analysis; Whole exome sequencing.