OBJECTIVE: Short insertion-deletion polymorphisms (indels) are the second most abundant form of genetic variations in humans after SNPs. Since indel alleles differ in size, they can be typed using the same methodological approaches and equipment currently utilized for microsatellite genotyping, which is already operational in forensic laboratories. We have previously shown that a panel of 40 carefully chosen indels has excellent potential for forensic identification, with combined probability of identity (match probability) of 7.09 × 10(-17) for Europeans. METHODS: We describe the successful development of a multiplex system for genotyping the 40-indel panel in long thin denaturing polyacrylamide gels with silver staining. We also demonstrate that the system can be easily fully automated with a simple large scanner and commercial software. RESULTS AND CONCLUSION: The great advantage of the new system of typing is its very low cost. The total price for laboratory equipment is less than EUR 10,000.-, and genotyping of an individual patient will cost less than EUR 10.- in supplies. Thus, the 40-indel panel described here and the newly developed 'low-tech' analysis platform represent useful new tools for forensic identification and kinship analysis in laboratories with limited budgets, especially in developing countries.
Hintergrund: Kurze Insertion-Deletion-Polymorphismen (Indels) sind nach SNPs die zweithäufigste Form von genetischen Variationen beim Menschen. Da Indel-Allele in der Größe variieren, können sie mit denselben methodischen Ansätzen und Equipment typisiert werden, das für die Mikrosatelliten-Genotypisierung verwendet wird, die bereits in forensischen Laboren etabliert ist. Wir haben bereits früher gezeigt, dass ein Panel von 40 sorfältig ausgewählten Indels ein ausgezeichnetes Potential für eine forensische Identifizierung hat; die kombinierte Wahrscheinlichkeit der Identität (Match-Wahrscheinlichkeit) liegt bei Europäern bei 7.09 × 10–17.
Methoden: Die erfolgreiche Entwicklung eines Multiplex-Systems zur Genotypisierung des 40-Indel-Panels in langen dünnen denaturierenden Polyacrylamid-Gels mit Silberfärbung wird beschrieben. Wir konnten außerdem zeigen, dass das System mit Hilfe eines einfachen großen Scanners und kommerzieller Software leicht vollautomatisiert werden kann.
Ergebnisse und Schlussfolgerung: Der größte Vorteil des neuen Typisie-ungssystems sind seine sehr geringen Kosten. Die Gesamtkosten für das Laborequipment liegen unter 10 000,–EUR, und die Genotypisierung eines einzelnen Patienten wird weniger als 10,- EUR für Verbrauchsmaterialien kosten. Das hier beschriebene 40-Indel-Panel und die neu entwickelte Low-Cost-Analyse-Plattform sind nützliche neue Tools für die forensische Identifizierung und Verwand-schaftsanalyse in Laboratorien mit begrenztem Budget, besonders in Entwicklungsländern.